张居正早就知道这些士绅们的套路，士绅们最擅长的就是利用士林清议给官员、朝廷施加压力，好达到自己的目的。
士绅们通过什么操纵士子们，就是书院。你当士绅们是做什么慈善啊，他们捐资助学，兴办书院都是有他们不可告人的目的的。当然，其中也不乏王守仁、湛若水、耿定向等人，他们创办书院的目的相对比较单纯，就是为了传播自己的学术思想。
但是士绅们的目的就不是那么单纯了，他们捐资助学，都是有目的的。第一就是通过捐资助学，资助一些有天赋的寒门子弟读书科举，可以提前与这些未来的官员们绑定，士绅们资助这些寒门子弟，就是施恩于他们，等到日后他们高忠进士，步入官场，就已经与士绅们深度绑定了。
从人情上说，士绅们是这些寒门子弟的恩人，从这些寒门子弟来说，尽管他们高中进士，步入官场，但是官场势力盘根错节，岂是他们这些新科进士能够摆得平的，而这个时候这些士绅们就会再次对他们施以援手，士绅们在官场拥有庞大的关系，可以为这些新科进士们在官场上提供助力。
更有甚者，通过婚姻的方式与这些寒门子弟深度绑定，将他们纳入自己的家族中来，而受了士绅们这么多恩惠，他们也要对士绅们加以回报，在朝堂上为他们摇旗呐喊，为士绅们张目。
张居正很清楚这里面的关节，所以在张居正看来，这种书院就是祸乱的根源。
张居正在给朱载坖的奏疏中认为，本朝一天下尤以学校为先务，慎选举以崇教职，严条约以厉生徒。朝廷兴办了大量的学校，从社学一直到国子监，就是为了培养人才。