徐阶当然也是明白了嘉靖的意思，在与杨博等人商量之后，召回了部分御史，同时规定了巡按御史的职责，加强了兵备道的权力，同时规定，有关边墙的修葺等问题，必须由督抚会同总兵、副将、参将等实地勘察之后，报请兵部批准之后再施行，御史仅仅只是监督修葺的过程。
徐阶还下令由左都御史周延和右都御史葛守礼负责整顿都察院，吏部尚书王用宾和内阁一道整顿科道，将一批无事生非，专门以弹劾生事的科道言官加以裁汰。
而同时，蓟辽总督唐顺之正式向朝廷举荐河间知府海瑞为顺天巡抚。此事在科道再次引起波澜，大部分的科道官员都不同意海瑞出任顺天巡抚，因为本质上来说，巡抚乃是都察院的外差，海瑞担任巡抚，照例应当加授都察院右佥都御史一职，也就是成为都察院的高级御史。
但是很多言官们认为，科道选用只有二途。首先是庶吉士改授。其次是考选，参加考选的京官必须是进士出身的主事、中书舍人、行人、评事、博士等，地方则推官、知县。地方推、知入科道，称行取。但是不管怎么说，都必须是进士出身的官员，哪怕是三甲进士呢？
海瑞不过一介举人，就想担任右佥都御史这一职务，实在是有违国朝体例。
这点连徐阶也表现的十分为难，一方面是科道对此反应强烈，一方面徐阶深知，海瑞是朱载坖一手提拔上来的，这次唐顺之的举荐，背后也是朱载坖，若是徐阶阻拦此事，就必然得罪于朱载坖，徐阶又不是傻子，怎么可能干这种事情。
徐阶于是将唐顺之的荐章发吏部，要求王用宾给内阁明白回话，这已经是徐阁老能放水的极限了，让裕王党来审查裕王党的荐章，徐阶的意思已经很明确了。