在这种情况之下，黄河与运河的矛盾越发的激烈，仅自嘉靖二十五年起，黄河就在山东曹县连续三年决口。所造成的损失难以估量。
自嘉靖七年起，黄河开始频繁侵入运道致使运道淤塞，朝廷为了治河和保运采取各种方式但效果甚微。以现在的技术手段无法彻底解决黄河泛滥问题，这也成为漕粮河运的最大阻碍，之前总督漕运兼管河道都御史郑晓就曾经上疏总结过现在运河的情况：筑之甚难，决之甚易，通之甚难，塞之甚易。
这种情况就导致河工劳作不休，夫役连年不止，运道开挖与维护的耗费庞大，即便使用大量人工助运，运河航运的效果仍然不尽人愿。加之维护漕闸、修筑堤坝等工程费用、以及各种与河事相关的机构巧立名目，层层盘剥，运送一石粮食的费用都远远高于漕粮的价值。
而且为了运送这些漕粮，所动用的船只和人员也是极为惊人的，用船一万一千七百七十五艘，合用官军十二万五百余人。自宪宗朝起，就不断有人重新提起海运，尤其是本朝，黄河的多次泛滥（本章未完，请翻页）
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