除了筑城之外，还有就是加强浙江的兵防了。
之前嘉靖准允戚继光在浙江招募营兵，用于御倭，但是等到戚继光把兵练出来，恐怕还需要时日，胡宗宪在戚继光练成新军之前还要另想办法，加强浙江的防备。
在和郑若曾、徐渭等人商量后，胡宗宪决定向朝廷请求设置杭严兵备一员；金衢兵备一员；嘉湖兵备一员；台州兵备一员；温处兵备一员，五名兵备将浙江划分为五个地域，统筹防御。
同时，在浙江总兵下设分守杭嘉湖参将，分守温处参将，分守宁绍参将，分守台金严参将四名分守参将，在总兵兵备的指挥下坐镇一方，好让戚继光专心练兵。
同时，对于浙江的卫所和各处水寨，也要加以整顿，朝廷本来在浙江设立了在浙江地区共设十六卫、三十四守御千户所，其中海宁卫、海门卫、观海卫、盘石卫、金乡卫、松门卫、临山卫、昌国卫、定海卫作为沿海卫所，有专司备倭的职责。
要是按朝廷的名册上，浙江的卫所官家数量可不算上，按军籍上的数字，浙江一省各卫有兵五万八千七百五十余人，水师力量更是不小，濒海九卫战船六百六十艘，可实际上有多少，那就只有天知道了。
指望浙江的卫所官军估计是不太现实的，胡宗宪等人把希望寄托在巡检司的弓兵身上。巡检司的弓兵并非正规军，而是地方民兵，由州县直接掌握。