用前朝名臣马文升的话说就是：有匡救弥缝之责，有防杜遏折之机，是以职居夏官而班首六卿。
而南京的其他各部职权就相对很清闲了，实际上在南京六部中，南京吏部和南京礼部是最为清闲的两个机构，几无事可作，比较南京兵部掌管留都守卫这一重要职能，其重要性不可相比，地位自然降低。
除了南京兵部外，重要的就是南京户部了，南京户部最重要的职责就是负责征收南直隶及附近浙江、江西、湖广各省的税粮，除一部分留作自支外，另一部分则输送北京。可以说，南京户部掌握了全国的财赋命脉，可见它在全国经济运营中的重要作用。南京户部的另一重要职责是管理和收藏全国黄册。所谓黄册，即赋役黄册，记载天下人口的户籍、里甲、赋役等情况，册面黄纸，因此称为黄册。黄册每十年更定一次，并收藏于南京后湖(即玄武湖)，由南京户部负责统计和管理。
同时南京户部还有一个重要职能，负责全国的盐引勘合。全国各地盐运使司、盐课提举司行盐用的盐引勘合均由南京户部管理。南京户部负责组织印刷盐引，印刷完毕，用印钤盖，然后发给各司使用。此外，南京户部还负有督理南京各卫所的屯粮、发放南京官员的禄廪、监督南京各卫所仓庾等职责。
可以说某种意义上来说南京户部掌握的财赋，恐怕比北京户部还多。
此外一个大肥缺就是南京工部，要负责南京及南直隶地区的工程营造（本章未完，请翻页）
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